晋惠帝时，司马乂为朝廷之主。经过历次战乱，司马乂已能感觉到执政之位的危险性，他采取了一些较为谦虚的措施，凡事皆遣人到邺城征求司马颖的意见，以此来增加自己所作决策的说服力，表示自己没有专权震主。但这并不能让司马颖满意，为取得最高权力，司马颖早已抛弃了兄弟之情，与司马颙联手，必欲除司马乂而后快。

司马颙借李含被征为河南尹的机会，让李含到洛阳联系侍中冯荪、中书令卞粹，准备谋杀司马乂。但李含的仇人皇甫商此时已投靠司马乂，他时刻关注着李含的动向，很快就发现了李含的阴谋，遂向司马乂告密，司马乂发兵收捕，一举杀掉了李含等人。

李含被杀，司马乂与司马颖、司马颙之间表面的合作关系也宣告破裂。司马颖、司马颙同时起兵杀向洛阳。司马颙以大将张方为都督，率精兵七万，出函谷关，东进洛阳。司马颖则亲自率领邺城镇兵屯朝歌，以平原内史陆机为前将军、前锋都督，督北中郎将王粹、冠军将军牵秀、中护军石超等二十余万之众，南下洛阳。

司马乂自幼领兵，晓畅军事，在打仗方面，他自然不肯示弱。他下诏自为太尉、都督中外诸军事，奉晋惠帝亲率六军出城迎战。司马乂分析形势，认为北面的司马颖是主力，于是奉晋惠帝屯兵洛阳北部的河阳桥，阻北兵入城，另遣皇甫商帅万人拒张方。司马乂与司马颖派出的陆机等诸将战于建春门，司马乂部将王瑚率数千骑兵，系戟于马，在阵前发动突击，大败司马颖的将军马咸和陆机的军队。

皇甫商的万余人却不是张方的对手，一战即败，张方一度攻入洛阳城内大掠，死者无计。司马乂在北面得胜之后，又奉晋惠帝回兵西面来战张方。张方的士兵纷纷退走。张方虽残暴嗜杀，也无法控制局面，只好退兵，不战而亡五千余人。但张方在兵败之后不退反进，逼至洛阳仅七里处，筑起营垒数重，司马乂认为张方不足忧，第二天接到报告，出兵攻打，结果失败，战局遂陷入僵持。

此时，洛阳城内的朝臣们商议，认为司马乂与司马颖是亲兄弟，可以黄河为界，分陕而居，成都王居邺在北，长沙王居宛在南，二王同心，夹辅朝廷。司马乂毕竟兵力少，希望和解，同意了这个方案。于是司马乂遣中书令王衍前往游说司马颖退兵，并写信给司马颖，称“卿宜还镇，以宁四海，令宗族无羞，子孙之福也。如其不然，念骨肉分裂之痛，故复遣书。”

司马颖也不示弱，他回信给司马乂说：“今武士百万，良将锐猛，要当与兄整顿海内。若能从太尉（指司马颙）之命，斩商等首，投戈退让，自求多福，颖亦自归鄴都，与兄同之。奉览来告，缅然慷慨。慎哉大兄，深思进退也！”司马颖要求司马乂先将皇甫商等人斩首，然后解除武装，“投戈退让”，才能罢兵。这些条件是司马乂不能答应的，和解破裂。

兄弟亲情在政治利益权势面前不堪一击，亲情成为政治利益较量的工具。悠悠时光，权势不在，而亲情亦丧。一时之奋，废亲情而取万古之讥。

双方打了一年，司马乂平时优待将士，很得军心，部队情绪稳定，没有发生变乱，司马乂在最危急的时刻也没有对朝廷失礼，该供给晋惠帝的待遇一概不缺，与士卒同食粗粝，甘苦共尝，出来作战，胜多败少。以至于张方都感到克城无望，已打算撤兵回长安，但是他探听到城内缺少食物，或有内乱可乘，所以留兵待变。

晋惠帝内部，东海王司马越为首的一群宗室看到司马乂兵力太少、收买了在殿中宿卫的禁军将领，在一天夜里突然将司马乂收捕起来，司马越入宫上奏，晋惠帝下诏罢免了司马乂的一应官职，关押于金墉城，大赦天下，改元永安。与司马颖、张方议和。

司马乂在金墉城上表：陛下笃睦，委臣朝事。臣小心忠孝，神祇所鉴。诸王承谬，率众见责，朝臣无正，各虑私困，收臣别省，送臣幽宫。臣不惜躯命，但念大晋衰微，枝党欲尽，陛下孤危。若臣死国宁，亦家之利。但恐快凶人之志：无益于陛下耳。

司马乂的部将们看到洛阳将破，才倒向司马越的，开城之后，他们看到司马颖、张方的部队其实也是濒临崩溃的残兵败将，没有想像的那么强，又见长沙王下场凄惨，后悔起来，打算放出长沙王司马乂，反对司马越。

司马越看到群情纷纷，想杀掉司马乂，与潘滔商量，潘滔说：杀司马乂会背上骂名，这个事情让别人去做。

潘滔秘密的告诉张方，张方派兵捉拿司马乂，锁在大柱上，剥去衣服，四周用炭火焙着，好像烧烤一般。司马乂光身被火烤，号声震天，惨不忍闻。有的人流泪，张方反露笑容。直到司马乂身体乌焦，才断了呼吸失去性命。年仅28岁。

司马乂掌权之始，洛阳城内外就有童谣传称：“草木萌芽杀长沙。”司马乂于太安二年（303年）七月杀齐王司马冏而掌权，于次年正月二十五日被捕，二十七日遇害，全如童谣所言。

在八王之乱的八王之中，司马乂知兵法，懂军事，能打仗，无野心，晋惠帝前不缺礼数，士兵面前不搞特殊，但实力弱，在司马颖、司马颙夹击之下，司马乂无法掌控局面，《晋书》哀叹：“长沙奉国，始终靡慝；功亏一篑，奄罹残贼。”

司马乂死后被谥为“厉”，按照《谥法解》，“杀戮无辜曰厉；暴虐无亲曰厉；愎狠无礼曰厉”，这是很坏的谥号，不符合司马乂的作为。

长沙王司马乂（275－304），字士度，晋武帝司马炎第六子，是晋惠帝司马衷和楚王司马玮的弟弟，成都王司马颖及晋怀帝之兄、晋愍帝之伯父。