1858年10月年仅三十五岁的家定因脚气冲心病逝，大奥（幕府将军的内室）拥立13岁的庆福为德川幕府的第十四代将军

因为阿部正弘的原因外样大名参与幕政的逐渐成为了常态，威胁到了幕府的统治引起了许多幕臣的不满。井伊直弼就是其中之一，因为井伊直弼出身于谱代藩中，所以所受教育一直是维护幕府的统治，亲眼目睹开国后亲藩和外样有联合起来抗击谱代的倾向当然心有不满，在井伊直弼就任大老后，指责尾张，水户，越前三藩擅自登程（前往江户，大名拜访将军有固定日期，不可逾越）以将军的名义对三藩藩主给予谨慎隐居（剥夺职位软禁起来）的处罚，但不久后1859年的8月孝明天皇对水户下达密赦（三百年前水户受明朝移民的影响认为效忠的对象应是天皇而不是将军，从而使得水户是日本最尊崇皇室的藩)《戊午密敕》内容大致为致力于公武(朝廷和幕府)合作、实施攘夷，并无传言中有讨幕意图。

但对幕府而言，朝廷越过幕府向藩下达密敕已违反幕府定例，另外天皇还免除了亲近幕府的关白九条尚忠“内览”权力。井伊还听说京都一带为下达密敕而沸腾,因此决定清除京都的潜在叛乱势力。在其耳目老中间部诠胜、京都所司代酒井忠义的追捕下，共有一百多人被捕，井伊对这些人毫不宽贷，包含皇室亲王、朝廷公卿、亲藩·外样大名、幕臣、各藩家臣均予以严惩，此即有名的“安政大狱”。大批与井伊直弼政见不同的官员受到蛰居、隐居、辞官、谨慎的处分，其中以对水户藩的惩处最重，埋下日后“樱田门外之变”的祸根。另外齐彬提拔的西乡隆盛、长州藩志士的导师吉田松阴也受到流放、处死不等处分，这是江户时代以来牵连最众的政治弹压行动。井伊先前作为虽引起不小争议，但仍有不少拥护声浪但一说到“安政大狱”便几乎听不见为井伊辩解的声音。井伊之所以在历史上被定位成反派人物，关键在于“安政大狱”，可说是他一生中最大的失败。

井伊大老意图借由空前的“安政大狱”，以振兴幕府声望，不过高压政策势必引起反弹，井伊大老在从宅邸前往江户城必经之路樱井门上遭到埋伏，结果地位只在将军之下的井伊大老毙命、此即“樱井门之变”。

井伊死后，从寺院奉行受其提拔的安藤信正继任老中首座，与久世广周成为最高权力者,安藤首先善后遇刺的家，并对水户藩宽大处理。不过安藤老中最重要的使命是改弦更张井伊对朝廷的高压政策，他的调和之道为:让孝明天皇之皇妹和宫，下嫁同龄的将军家茂。通过这起公家与武家的婚姻缔结，促使朝廷与幕府能在攘夷与开港等事情上统一立场、达成共识并紧密合作，此即“公武合体论”家茂之前的历代将军虽不乏与皇室结亲，但对象仅限于四世袭亲王家与今上天皇的姊妹结亲，家茂实为首例。当时和宫虽与有栖川宫炽仁亲王有婚约在先，不过在幕府提出保证重新锁国与攘夷的永诺下，获天皇首肯让和宫下嫁关东。(四世袭亲王家区户时代制定的度，不问与今上血缘的远近都有亲王封下。)1861年，朝廷和幕府两方普遍沉浸在公武合体体可将日本重归锁国时。

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